Nesomic

Nesomic da soporte científico a la toma de decisiones para la conservación de la biodiversidad. Es una plataforma web en la que los equipos de investigación reúnen datos moleculares y datos geográficos –secuencias de ADN, alineamientos, árboles filogenéticos y genomas, junto con capas de mapa y regiones geográficas– y los convierten en evidencia que los gestores de la conservación pueden usar.

De dónde viene

Nesomic nació en el proyecto NEXTGENDEM, dedicado a la diversidad vegetal terrestre endémica de la Macaronesia (Canarias, Madeira, Azores y Cabo Verde): conocer la diversidad genética y filogenética de la flora endémica, y dónde está, para decidir qué proteger y cómo. La plataforma en sí es general: sirve para cualquier grupo de organismos y cualquier territorio en el que las decisiones de conservación necesiten una base científica.

Para qué sirve

• Responder con datos a preguntas de conservación: qué zonas albergan más diversidad filogenética, en qué se diferencian las comunidades de un lugar y otro.
• Organizar los datos en proyectos compartidos con el equipo, con permisos para cada tipo de dato.
• Importar y gestionar secuencias, alineamientos múltiples, árboles filogenéticos, genomas y bases de datos BLAST, con su taxonomía y sus anotaciones.
• Trabajar con capas geográficas vectoriales y ráster y verlas en mapas.
• Lanzar análisis como el alineamiento de secuencias (MAFFT, MUSCLE, ClustalW), búsquedas BLAST, inferencia filogenética (BEAST) y diversidad filogenética (PDA, Picante, diversidad beta) en clústeres de supercomputación o en la nube, y conservar el registro de cada ejecución.
• Crear figuras con los resultados: árboles, alineamientos, mapas, vistas de genoma, figuras compuestas e historias.
• Seguir el trabajo en cuadernos Jupyter, en QGIS con el complemento Nesomic Connect o desde Python con la biblioteca cliente ngd-biond.
• Publicar un proyecto con DOI a través de Zenodo.

Quién está detrás

Nesomic lo desarrollan el Jardín Botánico Canario «Viera y Clavijo» – Unidad Asociada al CSIC, el Instituto Tecnológico de Canarias (ITC) y Gesplan. Ha contado con financiación del proyecto NEXTGENDEM (Interreg MAC 2014–2020) y de un encargo del Cabildo de Gran Canaria. La plataforma se conocía antes como plataforma NEXTGENDEM.